La più antica opera d’arte presente in Chiesa Madre, oltre al fonte battesimale, è il Crocefisso Nero.

Il Crocefisso Nero è un’opera in mistura realizzata da due artisti messinesi Jacopo e Paolo de li Matinati nel 1469 che, secondo la tradizione, rimase illeso dalle fiamme appiccate dagli invasori turchi, da restarne solo annerito. Si racconta infatti che l’11 luglio 1553 Licata fu assediata dalla flotta franco-turca che, espugnato il castello a mare San Giacomo, riuscì ad invadere la città, iniziando a saccheggiarla e a depredarla, mietendo violenza e morti, bruciando gli archivi pubblici, profanando le chiese e mettendo in fuga molte persone.

Riusciti ad entrare in città, gli assalitori si diressero verso il Duomo dove, dopo aver fatto razzia d’ogni oggetto sacro, presero di mira un Crocefisso che, secondo l’usanza liturgica di quel tempo, pendeva dall’arco trionfale della chiesa. Prepararono un’alta catasta di legno, appiccarono il fuoco, mentre altri iniziarono da diverse parti a saettare la Sacra Immagine, di cui tre frecce rimasero infisse nel corpo.

Qui avvenne il miracolo che nei secoli è stato tramandato attraverso una immemorabile tradizione. Il Crocefisso restò illeso dalle fiamme, si annerì solamente e i Licatesi, ritornati in città qualche giorno dopo il saccheggio dei franco-turchi, rimasero stupiti dal fatto che l’Immagine non bruciò. Così per riparare i danni provocati dal fumo e per tramandare nei secoli questo prodigioso evento, dipinsero il Crocefisso con una vernice nera, lasciando infisse le frecce che gli furono scagliate, delle quali non si hanno notizie certe riguardo la loro originalità.

Dopo questi fatti, i Licatesi trasferirono la Sacra Immagine nella cappella sita nel braccio destro del transetto, che già esistente serviva per seppellire i morti delle nobili famiglie e che da quel momento, ricostruita e restaurata, venne dedicata al Crocefisso Nero e scelta come luogo di culto e di venerazione verso questa miracolosa immagine, cui i fedeli hanno da sempre mostrato particolare devozione. A curare il culto del Cristo Nero nel 1602 venne costituita l’Arciconfraternita del SS. Crocifisso, detta dei Nigri per richiamarsi al colore della statua, che svolse la sua attività sino alla seconda metà del XVIII sec.

Attorno alla miracolosa immagine del Cristo Nero è stata riportata la testimonianza del vescovo di Agrigento, mons. Francesco Trajna che, durante una sua visita pastorale a Licata nel 1627, definisce: il Crocefisso “…é antico, di miracoli e di sagitti del Turco”. In un manoscritto del XVII sec. sulla storia di Licata attribuito al frate conventuale Antonio Serrovira si legge: “Nella Matrice si adora con molta riverenza l’immagine antichissima e miracolosa del SS. Crocifisso, di legno e di eccellente mano”.